面对如潮的电子乌贼,人类城市危在旦夕,墨菲斯和崔妮蒂等欲与入侵者决一死bbb。此时,救世主尼奥的身体和思想却意外分离,后者再度陷入到母体中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不带着尼奥的身体,回到母体和守护天使一起寻找他。一场大战之后,守护天使、病毒双胞胎等皆阵亡,而尼奥却在找到先知之后一无所获……锡安的局势越来越危险,议员及指挥官相继阵亡,机器的攻击却丝毫没有因为人类的反抗而减弱。此时,被叛徒射瞎双眼的尼奥,依然想通过希望去实现预言。这时,特工史密斯控制了先知,并变得越来越强大,威胁到了整个母体的稳定。在返回锡安的途中,飞船遭到电子乌贼的突袭,崔妮蒂死了,重伤的尼奥被带到机器城市01。在和机器的谈判中,尼奥答应为了人类和机器的共同利益,去消灭史密斯。于是,母体又面临着一次翻天覆地的重载……